Imaris 9.8版本通过允许在切片器上可视化对象,对对象检测的验证进行了改进。在具有显著深度的3D图像中,切片机可视化可以提供非常详细的细节。
Imaris9.8还为灯丝模块添加了一个期待已久的功能:soma模型。在图像数据允许成功探测躯体的情况下,该模型提高了可视化和测量。
Imaris 9.8简化了对象的创建,验证和编辑,通过为每个组件(点,表面,细胞,纤维丝)提供一个切片模式,渲染对象的轮廓与原始图像数据在一起。这是一个验证分割结果的强大工具。
所有创建步骤都可以在切片器上进行验证(中间分割步骤、区域阈值、种子点等)。当在创建过程中同时渲染多个元素时(例如点和阈值,或细丝的树突线和阈值),所有的元素都在同一个切片器上渲染(使用相同的扩展切片设置),以给出这些元素之间的相关性视图。
Sliacer渲染的一个重要特征是其能够渲染“扩展部分”。当启用此功能时,切片器将在指定厚度内将所有体积数据(MIP投影)和对象数据投影到切片上。例如,在创建点的过程中,可以将扩展部分的厚度设置为点的直径,以允许非常有效的视觉验证。
对象也可以在切片器模式下选择和编辑。在圆形选择模式下,光标只选择切片上显示的对象。对象切片器可以在动画中使用。在关键帧之间插入切片机的位置、方向和扩展部分。
在切片机模式下,点在切片机上与原始图像数据一起呈现为圆(或椭圆)。在点手动编辑期间,您可以shift-click到一个现有的点,以删除它或shift-click到切片机,以创建一个新的点。当切片机厚度(延伸部分)大于单个切片时,新的点将自动定位在其最佳“深度”。这可以使定点定位非常有效。你可以设置切片机扩展部分,以覆盖一个有用的厚度(比光斑直径大,但足够小,以不显示太多杂波),并依赖自动深度定位算法,自动定位每个点在其正确的距离,从切片机。
在切片模式下,细丝可以被渲染成线、圆柱体或锥体(类似于3D渲染时的选项)。在用AutoPath绘制细丝时,光标会自动放在切片上。起点和终点自动放置在切片机厚度内的最佳位置(垂直于切片机方向)。在使用AutoDepth绘制长丝时,切片机的位置跟随描摹。
在长丝拉伸过程中,有时部分线在延伸切片机的外面。在这种情况下,扩展部分之外的线段是透明渲染的:一个半透明的虚线表示线段在切片器下面,半透明的全线表示线段在切片器上面。扩展部分中的线段呈现为完全不透明。
当对象被跟踪时,轨迹也会呈现在切片上。
在渲染模式、扩展切片和UI选项方面,表面和单元已经被调整为与斑点和细丝切片器一致。它现在可以渲染表面只有一个轮廓,这提高了分割验证。
在表面手动编辑(在编辑选项卡中添加/删除)时,光标会自动放在切片上。然而,新的表面(用移动方块或魔棒计算)并不是在切片上精确创建的,而是在切片机厚度内的最佳位置(与切片机正交的方向)。如果一个特定的通道被选择为自动深度放置(编辑标签),只有这个通道将被用来定义最佳位置,否则所有可见的通道将被使用。
当切片器渲染打开时,Imaris 9.8自动隐藏Volume组件。
如果一个特定的工作流程需要切片机和卷的同时可视化,“自动隐藏”功能可以在卷设置选项卡中禁用。
一种用于正交切片机、斜切片机和剪切平面的新型机械手为所有切片机带来了相同的简单定位逻辑:
机械手也可以在切片机内移动,以防止它隐藏感兴趣的区域。这可以通过在操纵器球体上单击右键并拖动,或者在切片上的某个地方单击右键来实现。
Imaris 9.8已经进行了优化,以充分利用罗技MX Master鼠标提供的第二个滚轮,同时在切片器上工作。第二轮翻译(…的位置)选片。这提高了验证或编辑对象时的效率,因为现在不需要将光标移出场景就可以实现精确的切片器控制。这个额外的控制也可用于触摸表面和触摸板,垂直(主)滚动保持通常的行为(缩放和光标大小调整),水平滚动翻译切片。
与切片机相关的快捷方式和交互现在是统一的,所以它们可以用于正交和倾斜切片机,以及任何切片机的使用。
现在在对象对话框旁边有一个工具栏可用。它提供了一种简单快捷的方法,可以从任何对象的选项卡中对当前选定的组件应用操作。
它提供的一个特别有用的操作是在对象创建期间更改切片器模式,而不需要切换到设置选项卡。
它还提供工具来促进与切片器的交互。因此,可以将切片机转换到当前选定对象的中心,将切片机对准正交方向,或者存储(并稍后回忆)切片机配置(位置、方向和扩展部分),以便稍后返回到感兴趣的地方。
Imaris 9.8为细丝提供了体细胞模型,旨在捕捉体细胞的正确形状。
在创建向导中,使用点(起点)检测Soma位置,就像Imaris以前的版本一样。
随后Imaris9.8计算一个躯体模型,每个躯体位置周围都有一个形状。
躯体形状的计算需要对躯体本身进行良好的染色。如果你发现检测到的躯体形状不能很好地代表生物形状,你可以禁用躯体模型,使用起始点代替。(注意,可以从Filaments Edit选项卡的表面导入soma模型。)在Imaris以前的版本中检测到的细丝将继续与Imaris 9.8兼容。
“丝丝编辑”选项卡现在集成了SOMA编辑功能。它允许半自动创建SOMA。按Shift + +单击3D场景中的3D光标的位置将自动创建SOMA。3D光标的大小确定将计算SOMA的图像卷。可以通过使用主鼠标滚轮从编辑对话框或直接在3D视图中更改其大小。
如果光标下方有灯丝,则Soma将被放置在鼠标下方灯丝点的中心,并将自动连接到灯丝上。这对于用Soma替换起始点特别有用。
自动细丝计算可以在手工编辑的躯体上完成(以及从表面导入的躯体上),通过在创建选项卡的树突步骤中重新计算细丝。
当细丝有体细胞时,从体细胞的边界计算分支的长度和与体细胞的距离。因此,躯体模型提高了枝晶测量的准确性。
躯体模型本身在Imaris 9.8中产生了新的统计:体积、面积、椭圆度、球度、通道强度统计、距原点的距离、边界盒长度、椭球轴、椭球轴长度、质心、均匀质心。
在Imaris 9.8中,灯丝的渲染性能得到了改进,但对渲染本身没有视觉影响。
偏好的统计数据现在被收集到子组中。这提供了对激活状态的更好的概述,并提供了启用/禁用相同类型的所有统计信息的简单方法。
Imaris 9.8修复了58个bug | |
6969 | 自动检测Web代理配置直接从系统设置 |
10201. | 由于非常旧的OpenGL版本,切片器视图在OS-X上不活跃 |
10610 | 许可证小部件不注册对SPACE所做的复选框更改 |
11086 | 外部对象的句柄应该能够在动画中隐藏 |
11356 | 外部物体无法正确定位 |
11548 | Windows开始菜单上安装的应用程序名称不一致 |
11841 | 随着时间的推移,多个阶段位置3D的ND文件 |
11897. | 更改灯丝基色会触发过多的GUI刷新 |
12041 | 选择指针在点的编辑标签上不工作与音量关闭 |
12054 | Imaris不应该只从反卷积许可证开始 |
12119 | 缝合这些图像时缝合器仍保持一半禁用模式 |
12275 | 在轨迹编辑器中,轨迹是沿着时间轴伸展的 |
12279 | 表面轨迹在表面切片器视图中不可见 |
12373 | “全选”功能在9.6中不再可能 |
12558 | 随机块和飞溅出现在表面切片器视图 |
12569 | 在Imaris 9.6和9.7中,ND2没有正确转换-将第二通道的Z片序列反转 |
12578 | 血统轨迹时间图不正确 |
12582 | 在“Add Time Point…”中使用“Resample”'将导致奇怪的错误信息,并锁定Imaris |
12606 | 自Imaris 9.2以来,导出外部对象对斑点不起作用 |
12613 | 与标签编辑器的交互很奇怪 |
12623 | 当轨迹样式为直线时显示的轨迹工件 |
12635 | 超越树选择从多个对象更改为单个对象时,没有正确更新 |
12640 | 点击对象统计后,卷统计不正确 |
12655 | 如果没有许可证和没有互联网连接,错误的指示 |
12663 | 当修改输出文件夹行编辑时,ImarisFileConverter变得无响应 |
12664 | FileConverter不能正确地转换这些ome.tiff文件 |
12664 | FileConverter不能正确地转换这些ome.tiff文件 |
12666 | 超级分辨率数据点XTension创建一个ims文件,不能被保存 |
12669 | 从安装程序中删除Arena选项 |
12683 | ImarisViewer在打开此文件时崩溃 |
12687 | 直方图不显示数据,对图像上检测到的表面没有交互作用 |
12692 | 当加载带有标记点的图像时,标签颜色小部件是黑色的 |
12693 | 滤镜使用“轨迹到地面的最短距离”冻结海象 |
12700 | 第一个和最后一个切片的表面ortho切片机预览总是黑色的 |
12710 | Imaris在转换这些.tiff格式时创建了一个不正确的直方图 |
12734 | 当Imaris在处理一个大文件夹时改变观察到的文件夹列表时崩溃 |
12744. | 当改变参考帧名称时,参考帧统计信息不会更新 |
12747. | 切换到“时间已经……”Vantage的“时间视图”中的事件将阻塞Imaris数小时! |
12749 | 首选项> Statistics需要子组以更容易地选择 |
12754 | 这*。Iv文件不能作为外部对象加载 |
12755 | 导出平均统计数据-缺失的组件 |
12767 | 回到之前的步骤在灯丝循环算法崩溃Imaris |
12775 | Imaris无法用一个DIC切片正确地转换这个3D .nd2文件 |
12779 | 如果组文件夹(里面有spot /Surface Object)被放置在“volume”之上,快照会导致致命的Imaris崩溃 |
12783 | 即使没有创建点,详细统计选项卡也会填充所有的统计值 |
12788 | 无法转换nd文件 |
12799 | 删除点后不更新参考帧统计 |
12800 | 新保存的斑点对象消失 |
12801 | 当使用2D数据集时,原点设置在3D视图上不起作用 |
12804 | 如果文件名中包含中文字符,Imaris会在保存动画时退出 |
12817 | 批处理不会为特定文件创建点或面 |
12827 | 如果名称中使用“/”,则无法保存创建参数 |
12844 | “事件”选项卡和“统计”选项卡下每个事件的对象数量不匹配 |
12845 | 在Imaris 9.0.2和更高版本中,大型远程图像的缓慢渲染 |
12904 | XT Interface GetVersion应该提供构建号和操作系统 |
12906 | 通过XT创建的跟踪表面没有完成,显示创建选项卡 |
12957 | 复制灯丝后颜色编码错误 |
12975 | 对齐后在缝合器中的预览与保存到ims后在Imaris中看到的不匹配 |