Imaris 9.7发行说明

欢迎阅读Imaris 9.7发布说明。请看一下Imaris发行说明概述有关先前发布的功能和已修复的错误的信息。

版本日期:2021年2月9日

Imaris 9.7涉及两个主题:动态和结构。新的测量方法和新的图表提供了有用的信息和分析。

Imaris 9.7通过提供一种简单的机制，使基于每个单元独立定义的“事件”的整个种群的测量同步，从而促进了对单个单元动态的研究。例如，在一个分裂细胞的电影中，分裂发生在不同的时间点，当细胞经历细胞分裂时，可以为细胞定义一个事件，然后绘制相对于事件的时间同步的测量值。

Imaris 9.7让用户解决了一个重要的问题:“点与面之间是否存在相互作用(空间关系)?”为了回答这个问题，Imaris计算距离表面d的距离内的点的数量作为距离的函数，并将观测到的函数与完全空间随机性下定位的点的模拟进行比较。使用这种空间统计方法，用户可以研究点与表面之间的相互作用。

有利时间图

对于动态现象的研究，我们在Vantage模块中添加了一个时间图。它绘制由超越物体(即点、表面、细胞或细丝)测量的统计值。该图显示了中位数以及25%和75%的分位数随时间的变化，它可以让您轻松地在不同超越对象之间或单个超越对象中的不同类别之间进行比较。

当跟踪对象时，Imaris自动记录“自跟踪开始以来的时间”统计值。在有利时间图中，您可以选择该时间作为x轴，例如生成MSD图(均方位移图)。

时间轴的其他选择来自于事件的定义。例如，当使用谱系跟踪算法跟踪单元格时，每次单元格分裂都会创建一个事件，这将导致称为“事件时间事件= TrackSplit”的时间统计数据，Imaris计算该统计数据以支持在单元格分裂前后绘制统计值。

该图显示了有丝分裂前后染色体所占的体积。为了从许多在不同时间点分裂的单元格中获得这样的图形，必须根据相对于“event time event =TrackSplit”统计信息中捕获的事件的时间同步所有测量。Imaris 9.7自动生成此测量值。

事件

Imaris 9.7引入了“事件”的概念，以允许时间轴上的“事件”对时间序列数据进行对齐。如图1c所示，考虑在同一图像中三个细胞在不同时间进行有丝分裂的例子。图1a中的图表显示了三个细胞的DAPI通道的强度与采集时间的关系。图1b显示了将图1a的时间轴上指示的事件对齐后的相同图形。

图1。三种有丝分裂细胞中DAPI的强度。a)强度图与获取时间的关系。b)分别定义每个细胞染色体凝聚峰值的事件后，对应“EventTime”的强度图。c)时间序列，单元事件用粉色表示。

事件选项卡中的创建向导

事件可以在spot或Surfaces的创建向导中定义。要做到这一点，首先必须将对象分类到不同的类，然后当对象从一个类“切换”到另一个类时，可以为轨道内的对象设置“ClassChange”事件。这种方法可能看起来有些间接，但它带来的好处是释放了定义事件的分类工具的所有可能性。

事件设置对话框允许您添加任意数量的事件，并且您可以为每个事件定义感兴趣的类更改。例如，您可能已经基于点与曲面之间的最短距离设置了一个“inside”和一个“outside”类，当点到曲面的距离为负时，将点标记为“inside”，否则标记为“outside”。然后，您可以设置一个事件来捕捉点从“外部”到“内部”的变化，并设置另一个事件来捕捉点从“内部”到“外部”的变化。您定义的每个事件都会为具有此类事件的轨道中的所有对象生成相应的事件时间统计信息。然后，该统计值作为有利时间图的x轴可用。

TrackSplit和TrackMerge事件

当以跟踪分割或合并的方式跟踪对象时——通过继承跟踪或连接组件跟踪或最大重叠单元格或手动跟踪——那么在分割之前或合并之后立即进行的对象将获得TrackSplit或TrackMerge事件，并且对于具有分割或合并的轨道中的所有对象，将计算一个事件时间“事件时间事件= TrackSplit”。

手动编辑事件

在对象创建后，可以在“编辑事件”选项卡中手动编辑事件。要将一个事件分配给一个对象，选择该对象并按“分配”你想分配给该对象的事件。

形象的事件

在Imaris 9.7中还可以向时间序列图像的某些时间点添加“图像事件”。这些还将导致点、面、单元和细丝的事件时间统计数据，这样这些事件时间统计数据就可以在Vantage time中用作时间轴。

要设置图像事件，Imaris的时间栏已经接收到一个事件切换按钮，如果当前时间点还没有事件，则该按钮将在当前时间点添加一个事件。如果当前时间点有事件，事件切换按钮将从当前时间点删除该事件。

现有的图像事件在时间轴上呈现为黄色矩形。

事件时间统计

当为轨道中的对象定义事件时，Imaris 9.7将自动为轨道中的每个对象计算一些新的统计信息。

TimeSinceEvent	距离上一次事件最近的时间。在第一个事件之前，它有负值。
TimeToEvent	时间到最近的下一次活动。在最后一个事件之后，它有负值。
EventTime	if(TimeSinceEvent < TimeToEvent) { EventTime = TimeSinceEvent; 其他}{ EventTime = -TimeToEvent; ｝

计算EventTime的目的是绘制“围绕事件”的统计信息。它的定义有些武断，但它通常很好地实现了“围绕事件”绘制统计数据的目的。

曲面重叠统计

为了帮助研究两组表面之间的关系，Imaris 9.7计算了测量表面-表面重叠的统计值。

• 与曲面重叠的体积-该特定曲面与来自其他曲面的所有曲面之间的重叠区域的体积。
• 与表面重叠的体积比-重叠体积与表面的比例和特定表面的体积。

有利空间统计

Imaris 9.7提供了一些有用的工具来研究这个问题:“点与面之间是否存在相互作用?”以及接下来的问题:“我们在多远的距离上观察到吸引/排斥?”

这种分析的出发点是测量距离表面d的距离内的累计光斑数，以及测量距离表面d的不太可靠的对应物(光斑数)。

然后，Imaris 9.7模拟随机定位的点(与观察到的数量相同)，并在模拟的期望值周围生成随机化包络。这有助于进行有用的比较。由于模拟点通过构造既不被表面吸引也不被表面排斥，它们提供了一个有用的零假设，偏离这个零假设表示吸引或排斥。

从累积图推断

当观测到的累积函数超过模拟结果时，它表明了“吸引力”，或者更清楚地表明，在到表面的各自距离内观测到的斑点数量大于随机模拟的预期。如果观测到的累积函数低于模拟结果，则表明“斥力”，或者更清楚地表明，在与表面的相应距离内观测到的点数低于随机模拟的预期值。

从直方图推断

在直方图中，我们可以观察到，与随机定位相比，距离表面的斑点出现的数量或多或少。在这个例子中，在距离地表3.5微米的地方，我们观察到的斑点数量比随机定位所预期的要多。

概率密度图

概率密度图与直方图相似，因为它表示距离表面一定距离的点的密度。这个图比直方图更平滑，因为它是使用核密度估计构建的。核平滑也应用于观测数据和模拟数据(跟随[Duranton 2005])。内核宽度显示在图形的图例中。

随机信封

随机点的随机化包络是从1000个模拟中计算出来的，这样它包含了98%的模拟，1%的模拟在随机化包络之上，1%的模拟在随机化包络之下。当观测曲线位于随机化包络线之外时，拒绝观测完全随机的假设是合理的。

模拟区域

请注意，模拟随机点的区域是推理的基础。你可以用Imaris9.7的图来检测模拟区域中完全空间随机性的偏差。Imaris9.7为模拟随机点的区域提供了3种选择:表面内部、表面外部或表面内外。此外，Imaris9.7将自动限制与模拟斑点的表面(外部和内部)的距离，以显示在每个图的x轴上的距离。

为了可视化模拟随机点所在的区域，您可以使用Surface distance transform函数(见下文)来计算从表面的距离变换，并且只考虑在x轴上显示的范围内的距离。

Imaris 9.7所采用的方法是基于空间统计领域中公认的方法。在统计学术语Imaris9.7中，观测点的“强度”作为距离地表最短距离的函数[Baddeley 2015第6.6章]。在[Baddeley 2015年第10章]中，您可以找到随机化信封和假设检验的描述。在为Imaris 9.7构建方法时，[Gomariz 2018]的分析作为模型。

图像强度作为距离表面的函数

Imaris 9.7提供了一个图表，显示每个图像通道的平均图像强度与距离表面d的关系。这张图可以让你检查某些通道的强度是否随距离地表的远近而变化。显然，对于计算曲面的通道，我们是这样期望的。你可能会发现其他通道的强度也会随着距离而变化。

表面距离变换原生在Imaris

通过表面编辑对话框中的“蒙版选择”或“全部蒙版”按钮，现在可以计算距离变换了。结果是一个新的浮点图像，它带有一个通道，在每个体素上保存从该体素中心到表面的最短距离的值。计算曲面内外的距离。表面内部的距离变换值将为负。

唯一的新HostID简化了工作流程

Imaris9.7改进了安装许可证的计算机标识符的计算。以前用户必须选择一个HostId, Imaris现在自动计算一个唯一的ID，不需要用户选择。

点击这里有关如何更新您的许可证的说明。

确认

我们要感谢Alvaro Gomariz和César Nombela-Arrieta的支持以及关于空间统计及其在Imaris中的应用的讨论。

文学

• [Baddeley 2012] Baddeley, Adrian，张亚梅，宋勇，Rolf Turner。空间点过程对空间协变量依赖性的非参数估计。统计及其接口5、no。2(2012): 221-236。
• [Baddeley 2015] Baddeley, Adrian, Ege Rubak, Rolf Turner。空间点模式:方法和应用R. CRC出版社，2015。万博电脑网页版登录
• [Gomariz 2018] Gomariz, Alvaro, Patrick M. Helbling, Stephan Isringhausen, Ute Suessbier, Anton Becker, Andreas Boss, Takashi Nagasawa等。“通过3D显微镜定量分析骨髓微环境中的造血调节基质细胞。”自然通讯9号。1(2018): 1-15。
• [杜anton, 2005]杜anton, Gilles, Henry G. Overman。“使用微地理数据进行定位测试。”《经济研究评论》第72期。4(2005): 1077-1106。
• [Ripley, 1981] Brian . Ripley .空间统计。卷》575。约翰·威利父子出版社，2005年出版。

固定的错误

修复了Imaris 9.7中的84个bug
10010	难以确定在管理员中选择了哪个许可证-在Imaris管理员中将QTableView替换为QTreeView
10740	在Imaris 9.1中添加filament()。x的工作方式类似于之前的SetFilament()，即删除当前的Filament
10757	无法转换Micromanager(1.4.23)中的OME Tiff文件
10846	创建向导的“编辑表面”步骤不起作用
10849	一些.lsm文件以不正确的强度值打开
11408	ND文件的2D瓦片没有正确读入，而是叠加
11472	帮助拉伸表面分裂误导性
11659	公式%的数据集共定位错误
11774	当同时打开Imaris和ImarisViewer时，“观察文件夹列表”和“观察文件夹”可能会丢失
11794	如果有两个以上的独立树突，则脊柱断裂
11798	在移动帧时，统计计算经常发生
11801	Imaris在保存此文件时崩溃
11851	支持相位视图轻表数据格式
11916	测量对象显著改变鼠标缩放行为
11929	测量点不精确地放置在表面物体的表面上
11940	创建参考系后，统计数据不会显示
11972	Imaris在PlantCell_with_objects.ims上执行重建表面/完成时崩溃
12011	Manders在Coloc模块有错误的拼写
12012	Imaris在尝试改变一个新通道的映射颜色时崩溃，原因是两个通道比例的通道算法
12021	Vantage全屏崩溃
12043	导入无效的ims文件时Imaris崩溃
12065	轨道:颜色类型>统计编码>高级配置没有任何影响
12085	没有重叠的多幅图像会导致错误的Cell强度统计
12086	Imaris无法转换这些.tiff图像
12114	缩放栏显示错误的值，如果快照大小在“固定”大小模式被改变
12120	Imaris在提取通道崩溃
12124	使用客户数据集“添加图像”更改已加载文件的体素大小
12137	名称为µin的OIF数据集无法打开
12161	灯丝点材质编辑器仍然包含“扩散/镜面/发射”复选框
12174	有关斑点质量过滤器的信息从参考手册中缺失
12202	在批处理设置中，鼠标光标不会更改为指示缩放条修改的可能性
12210	帮助-关于Imaris不会立即显示
12227	有些tiff时间间隔是错误的
12232	不正确的ome tiff文件转换
12235	黑色条纹出现在蒙面通道
12269	通道可见性不存储在“保存”中
12271	多图像表面ROI在错误的图像中显示体积高亮
12278	无法在切片器视图中的批处理表面创建中隐藏通道
12296	无法关闭首选项窗口
12304	描轮廓时，方向键不能正常工作
12318	在缝合首选项许可对话框下方的大空白区域单击时，没有上下文帮助
12325	轨道编辑器中的对象颜色不随颜色选项卡而改变
12326	轨迹编辑器中的快照无法导出正常图像
12330	提取通道对黄蜂图像无效
12334	File Converter日志文件丢失
12335	在MAC上，使用暗模式时，安装按钮是白色的
12340	在创建向导中的Filter 2D Classification步骤上需要轴标签。
12343	“相机”面板没有名称时，在标签视图与注释
12354	选中标记“覆盖基本颜色的标签”不记得状态
12365	xtension不会启动。加载库时出现致命错误…mclbase.dll
12372	在步骤阈值和过滤种子点之间来回时崩溃
12387	忽略用户设置的数据缓存和线程数
12390	Imaris 9.6.0编程接口页面标题显示为9.7
12395	Imaris在编辑种子点和使用音量预览时崩溃
12396	圆形选择不适用于有核的2D细胞
12399	自动重置显示调整位置，如果在所有情况下离开屏幕
12401	表面分裂使用种子点破碎-产生重叠
12405	缝合许可证对话报告“连接失败!”
12406	选择Coloc标签与150%或更高的窗口缩放Imaris崩溃
12418	整体统计没有集合和类名
12424	屏蔽ImarisCell的表面导出失败的2D图像
12429	IMS文件的场景文件打开错误-无法加载场景。bpTimes::FindTimeBegin(…)- IdTimeBegin 0不存在
12430	Imaris 9.6的表面蒙版不准确
12445	Nd2文件无法正确转换
12447	机器学习分类使Imaris崩溃。
12452	本机距离计算在此图像上崩溃
12455	无法写入文件-错误时，按下'保存'后漂移修正
12458	改进内存和数据缓存首选项的描述
12460	编辑表面有时会跟踪崩溃
12461	ImageJ TIFF第二通道未正确读取-填充了零
12464	任何人都可以使用Arena的“Plot”中的Vantage
12471	安装Viewer 9.6时缺少MSVCR120.dll
12481	没有有效的许可证对话框显示4次
12502	从相同的图像导入场景(带有添加组件选项)会在重复的组件之间创建相关性
12511	Imaris从9.6.0开始就不能识别从。tif转换而来的。ims文件
12520	Imaris 9.6无法转换/加载ICS2文件
12543	9.6参考手册，章节2.9为旧版优势说明
12545	将Windows中的日期/时间和格式设置为英语以外的任何内容将导致向导输入带有小数点的数字时出现问题
12592	动画-自定义旋转对话框的主题id错误
12611	Imaris冻结时显示点平均统计和改变时间点
12634	与9.5.1相比，9.6和9.7 beta版的漂移校正不再有效
12644	2D数据集上的“通道提取”随机崩溃
12653	XT ImarisApplication.SaveSnapShot()不工作
12673	“鼠标右键-显示帮助”链接断开“首选项-统计测试”