欢迎阅读Imaris 8.4发布说明。请看一下Imaris发行说明概述有关先前发布的功能和已修复的错误的信息。
发布日期:2016年11月10日
Imaris 8.4的主要功能是手动灯丝追踪大图像。Autopath和自动深度跟踪在这个版本中都有了显著的改进,可以在大图像中进行细丝跟踪。下面列出了Imaris 8.4发行版的所有新特性。
ImarisFileConverter具有大数据能力。它可以轻松地将tb大小的文件从几乎任何显微镜格式或从tiff-series转换为高性能IMS格式,允许tb大小的图像的即时交互式可视化。
在8.4版本中,我们通过更好的进度更新和更具交互性的用户界面使ImarisFileConverter的响应性更好。这是一个新的用户界面的截图。
用户界面的顶部表格是输入区域,允许用户设置要转换的文件列表,并在开始实际转换过程之前配置每个文件的设置。当按下“Start All”开始转换时,文件被移动到显示正在运行的转换进度的底部表格。
ImarisFileConverter8.4新增:
Autopath灯丝绘制具有大数据能力。
注意:注意不要剪掉你正在绘制的灯丝部分,因为这可能会破坏绘图。
注意:(不幸的是)没有显示自动路径计算的进度。找到答案的唯一方法是间接地将鼠标指针移动到图像中的不同位置。对于那些计算已经到达的位置,将显示跟踪。对于那些计算还没有到达的位置,没有显示跟踪。还要注意:由于跟踪一小块然后从那里继续跟踪非常容易,用户可以不间断地工作。
自动拉深长丝具有大数据能力。
注意:由于自动抓拍,重要的是,光标大小大致匹配的直径灯丝,你画。
主工具栏中的快照按钮立即生成当前视图的快照。默认情况下,快照保存到源映像目录中的一个文件中,创建快照后,在默认映像查看器中打开快照,向用户显示快照的外观。默认情况下,快照也会复制到操作系统剪贴板中,以便在其他应用程序中使用。万博电脑网页版登录用户可以通过更改快照首选项来修改快照按钮的行为:
当缩放值设置为1时,快照按钮创建一个与渲染区域大小相同的快照。要创建高分辨率快照,用户可以将“缩放”首选项更改为大于1的值。如果缩放值设置为2,生成的快照将具有屏幕渲染区域宽度的2倍和屏幕渲染区域高度的2倍。
为了帮助用户看到屏幕渲染区域的大小,当大小改变时,Imaris会在渲染区域的左上角显示这个大小。
此外,视图菜单现在有可能“保存窗口状态”和“加载窗口状态”,其功能基于每个查看器,并保存和加载所有窗口的大小和可见性。
注意:快照总是与当前视图的渲染区域具有相同的纵横比。在以前的Imaris版本中,可以创建与当前视图不同的纵横比快照。
对于那些更喜欢Imaris旧行为的用户,可以在Preferences Display部分更改回旧行为。
注意:3d视图相机工具栏中的“设置中心”功能受此新行为影响。当Set Center将相机重新定位到与以前版本相同的位置时,相机旋转的焦点随着相机的缩放而改变(为了允许通过数据集进行缩放)。
Display::TextureCacheLimit的首选项是在第一次使用Imaris时自动从图形板的可用内存中确定的。
改进了显示调整的自动设置。
现在计算如下:最小值被设置为直方图的第一模式(最大值)。最大值设置为直方图的99.8%左右的值,有效地忽略了高强度异常值。
缩放条的位置和大小可以在首选项中进行调整:
在任何视图中,100%地将一个体素映射到一个屏幕像素。
在Imaris8.4中,点统计数据的计算是多线程和块的。
在单元格编辑选项卡上,功能“合并”被重命名为“融合”,“分裂”被重命名为“片段”。
增加了一个颜色轮图标,允许改变每个Vantage 1D对象的颜色。
为了提高统计数据的计算性能,“跟踪强度中位数”统计数据的定义为:
轨迹强度中值=轨迹中所有物体在所有时间点的所有强度中值的平均值
在以前的Imaris版本中,轨迹强度中值计算了轨迹内所有对象在所有时间点上的所有体素强度的中值。这个操作需要访问图像强度。使用新的定义,可以从每个对象已经计算出的强度中位数体素统计数据中计算出跟踪强度中位数统计数据。
距离变换计算是使用Meijster, Roerdink, Hesselink的方法计算的精确距离变换:“在线性时间中计算距离变换的一般算法”,在数学形态学及其在图像和信号处理中的应用,计算成像和视觉系列第18卷331-340页。万博电脑网页版登录
在整个Imaris8.4中,只要进行距离变换计算,就会使用精确的距离变换。这导致了统计值的差异,如“囊泡到细胞膜的距离”。此外,由于距离变换的变化,一些细胞、表面、斑点和灯丝的检测结果可能会有所不同。
当通过ImarisXT运行距离变换时,也会应用精确的距离变换。
灯丝有3个新的统计值:
在以前的版本灯丝编辑标签,有三个功能需要源通道选择:中心,直径和连接。此外,该函数还需要其他三个输入参数:小直径、大直径和阈值。我们简化了对话框,以避免弹出窗口,并将其直接集成到编辑选项卡中。
参考帧现在也可以使用可见操纵器定位:
此外,如图所示,参考帧轴在3D场景中有标签。
Mac OS X 10.9及更高版本支持Imaris8.4。Windows 7 x64及以上版本支持Imaris8.4
修复99个bug (Imaris 8.3以来) | |
9716 | 使用质量过滤器在膜检测时,没有检测到细胞将导致崩溃 |
9694 | 编辑带有循环的灯丝会导致保存/导出失败 |
9683 | 重建刺激活ROI |
9651 | 不正确的> 2gb融合CZI平铺图像 |
9648 | 灯丝连接崩溃… |
9645 | 内存限制接受负值 |
9631 | 所有数据集上的细丝批处理失败 |
9628 | 修改阈值时,区域生长切片机位置为复位 |
9621 | 在竞技场中选择手动收集对象时被截断的名称 |
9625 | 参考手册缺少速度角统计的描述/图表 |
9608 | 禁用插值没有效果 |
9602 | 对所有文件的文件组批处理失败 |
9586 | 当打开设置选项卡并单击进入渲染区域时,单元格向导崩溃 |
9578 | 在mac上打开连续的lsm文件将导致Imaris崩溃 |
9559 | 撤销对提取通道无效 |
9558 | Building Vantage Plot会占用大量内存,而且几乎永远都占用不了 |
9555 | 不能在OS-X上连续运行xtension |
9551 | 当批处理许可不存在时,批处理队列仍然在文件菜单中启用,但按下它没有效果 |
9526 | Imaris在自由旋转数据集时崩溃 |
9525 | 动画TIFF导出跳转到最后一个关键帧的第一个时间帧 |
9524 | 灯丝统计数据加倍 |
9518 | Imaris在打开coloc数据集时崩溃,且许可证不可用 |
9509 | 点击圆柱体轨道样式会导致Imaris崩溃 |
9505 | 跟踪单元的目标在存储和加载后改变 |
9502 | 等高线绘制模式“时间”停止时,新圆在同一帧开始 |
9495 | 3D裁剪窗口中的距离值应该更接近相应的像素值 |
9489 | 参考框架被列为产品参考框架,而不是Imaris MeasurementPro |
9483 | 提取通道添加尺寸不合适的通道 |
9481 | 当Arena关闭且Imaris关闭时,数据未保存 |
9470 | 过滤器对话框在重复选择后丢失过滤器 |
9464 | 如果用户移动/复制文件到一个新的组,竞技场中添加的标签将丢失/删除 |
9458 | 在Vantage中,只显示标记对象的对象的可视化在对象渲染和中心点之间是不同的 |
9457 | 按文件名而不是按完成时间排序批处理结果 |
9456 | 参考手册中缺少创建向导的细胞膜阈值条目 |
9453 | 使用多个过滤器是坏的,在创建向导和常规过滤器集。(影响表面、细胞、斑点、细丝) |
9443 | 更合理的文件导出和打开对话框的默认位置 |
9438 | 在8.3版本中,在构建Coloc通道时,没有统计数据生成 |
9437 | 阴影体积单元格的透明度太有限 |
9431 | 关于对话框在Imaris管理员应该有自己的窗口 |
9428 | 帮助编程接口-断开链接 |
9421 | 添加多个Spot/Cell对象将禁用过滤器对话框 |
9407 | Imaris崩溃时,我试图删除16段在丝 |
9387 | 重新采样图像以对齐参考帧按钮应该在单个时间点图像中不可访问 |
9383 | 在使用参考系时,Imaris没有提供哪个轴是哪个轴的指示 |
9378 | 与单元相比,Imaris在点/面中使用“合并”和“分裂”两个非常不同的动作 |
9351 | 在“创建”选项卡和“设置”选项卡之间切换会显示更多的种子点 |
9317 | 在手动灯丝和AutoPath或自动深度之间切换时无法记住位置 |
9316 | 细丝分类脊柱统计-平均统计只显示粗短的脊柱 |
9306 | 注释中的搜索工具使Imaris崩溃 |
9304 | 添加图像文件夹抛出警告与图像文件相关联的文件 |
9243 | 通过Fiji/File/Open打开的数据集将保留以前打开的文件的文件名 |
9242 | 手动Autopath不能一次跟踪灯丝,而向导Autopath可以 |
9181 | 如果Imaris不能到达浮动许可证服务器,您将卡在启动画面 |
9168 | 从原始ND2文件中删除1个或多个时间点后,卷显示为空白。 |
9130 | 帧数与OS-X的时间条上的时间值重叠 |
9109 | 编辑细丝将删除所有标签 |
9101 | 如果时间序列被裁剪,则音量统计信息将“丢失” |
9095 | 在轨道编辑器中激活“对象”选择模式时,单击渲染区域中的轨道将不会突出显示任何内容 |
9093 | 细胞对象(没有囊泡或核)不能导出用于绘图 |
9074 | 更新“屏幕外渲染”的文本 |
9064 | 拥有数百万个点的数据集在“编辑轨迹”和“统计数据”中导致崩溃 |
9058 | 编辑沿袭轨迹后重建表面耗时太长 |
9053 | 编辑谱系跟踪,然后在统计计算期间转到颜色选项卡摊位 |
8973 | 轨道编辑器的底部滚动条行为与右侧滚动条行为不同 |
8943 | BatchAgent不会清理失败批处理运行中的临时文件 |
8647 | 在重建过程中灯丝应显示为线 |
8644 | 在7.6.5中创建的超越对象的名称不会在竞技场中显示 |
8600 | 在CZI文件中,灯丝筒尺寸默认设置为1000um |
8498 | 轮廓时间绘制频率未设置 |
8310 | 在批量运行时,灯丝的默认呈现样式是行,而在向导中是圆柱体 |
8189 | OME验证脚本为OME导出生成错误 |
8089 | 没有数据集加载时,Coloc不稳定 |
8088 | 在没有加载数据集时导出注释会导致Imaris崩溃 |
8020 | 你不能把比例条放在画廊的下半部分 |
8016 | 分类脊柱XTension并不适用于所有数据集与最新的Matlab版本 |
7979 | 添加没有卷数据的手动点/细丝会导致崩溃 |
7925 | 重建细丝导致统计数据中的额外条目为零 |
7895 | 当快照从超越模式激活时,出现Coloc面板 |
7781 | 某些ome-tiff文件没有正确读入 |
7774 | XT可以在后台加载活动时访问无效数据 |
7747 | Olympus Tiff保存的VS-ASW 2.5 (Build 9483)错误的XYZ校准导入 |
7536 | 点的统计计算比7.6.5慢 |
7467 | 灯丝重建不产生相同的结果,像一个新的建立 |
7301 | 统计资料标签的“选择-平均值”显示错误/误导的计数 |
7108 | 当count=1时,脊柱计数在Imaris统计和Matlab Plot之间变化 |
6904 | 快照输出与叠加预览不匹配(例如比例尺单元) |
6636 | 增加了自动检测手动跟踪灯丝上的刺的工作流程 |
5969 | 新OME文件未正确读取(读取器和写入器已过时) |
4149 | 缩放条/颜色条标签不随快照大小缩放 |
3525 | 当“显示刺”关闭时,部分刺仍然可见 |
3462 | 表面或灯丝向导启动后,负载上不显示体积 |
3263 | 改进重复过滤对象行为 |
2417 | 图库模式的快照不能正确地对预览进行成像 |
12实现的特性请求 | |
1973 | 选项用于设置默认快照路径的行为 |
4016 | Imaris应该支持将外部对象保存为.WRL文件类型 |
4352 | FR:自动深度光标放置应该意识到剪切平面 |
6397 | 在Section快照视图中不应该可见十字准星 |
6564 | 快照小部件忘记先前设置的文件名 |
7675 | >2 gb Imaris中未打开融合瓦CZI图像文件(Imaris打开融合瓦错误) |
8601 | 回到原来的缩放值行为 |
8803 | 无法加载(新的)客户提供的OME-XML文件 |
9362 | 客户只想在3D视图中显示“m:ss”时间 |
9364 | 未添加到Excel导出的统计值的名称 |
9620 | 不能更改1D优势图的颜色 |
9633 | 安装后“Imaris Administrator”的默认选项卡应为“License” |
修正了14个错误(自Imaris 8.4.0起) | |
7249 | 神器显示在蔡司3D+时间LSM文件 |
7420 | 在Imaris中打开的CZI文件不能正确读取所定义的通道颜色 |
9763 | 有4个通道的CZI文件没有正确的配色方案打开 |
9774 | 在第一个文件之后,因此命名为CZI SNAP的文件不被Imaris读取 |
7711 | 错误的调色板时,打开LSM文件转换为CZI |
9778 | 丝数统计错误! |
9802 | 在较大数据集上阈值图编译崩溃 |
9691 | 动画在OS-X上quicktime只包含几帧 |
9811 | Imaris没有打开。lsm文件 |
9806 | 在Imaris 8.4中,LSM文件无法打开 |
9755 | 时间绘图模式产生的手动表面删除崩溃 |
9794 | 在8.3.1中正确读取的蔡司.lsm文件在8.4.0中无法正确加载 |
9772 | 火炬视图不适用于2D图像 |
9818 | 轮廓加载中断 |
修正了1个错误(自Imaris 8.4.1起) | |
10005 | resource_type='bpFileDependenciesItem'只能被写入postgres 1000次,此时Store将失去功能 |