Imaris 8.3发布说明

欢迎阅读Imaris 8.3发布说明。请看一下Imaris发行说明概述有关先前发布的功能和已修复的错误的信息。

发布日期:2016年5月27日

基于膜的细胞边界检测

使用Imaris的Cell组件，现在可以基于膜信号检测细胞边界，即使没有核信号可用。下面的截图展示了这种分割的例子:

算法上，Imaris执行多尺度分水岭区域合并来实现这种分割。用户可以交互地调整合并阈值，以获得阈值设置的即时视觉效果。此外，在运行基于膜的细胞边界检测后，用户可以进入“细胞”的编辑选项卡，并合并或分裂未正确分割的细胞。

细胞可视化改善

在2D切片机上改进的细胞可视化，便于更容易地验证分割结果。新功能包括:

单元格的边界渲染为白线

原始强度被细胞颜色覆盖的细胞区域渲染

单元格颜色选项

现在可以通过ObjectID对细胞进行着色，以方便区分相邻的细胞。

细胞的谱系跟踪算法“最大重叠”

为了跟踪从膜信号中分割出来的细胞，Imaris8.3添加了“最大重叠”跟踪算法。该算法可以跟踪分裂的细胞来产生谱系。

该算法的工作原理如下:对于每个单元格，算法通过计算与前一个时间点所有单元格的空间重叠来搜索前一个时间点的母单元格，并选择与其重叠最大的单元格作为母单元格。作为完整性检查，只有当重叠超过最小比例(默认为0.5)时才创建到母节点的链接。

参考框架组件

参考坐标系是一个笛卡尔坐标系，它可以被定位和指向图像中的任何地方。

手动定位:

• 在超越树中选择参考系。
• 选择导航模式
• 在进行3D旋转或平移(就像3D导航一样)时按下Ctrl来移动参考系。

自动定位:

• 参考帧可以通过点、面、单元格或细丝轨道编辑器标签上的“纠正漂移”按钮从轨道创建。然后，它们被放置在这样一种方式，他们“跟随”轨道的运动。
• 参考帧可以从图像处理菜单中通过选择ImageAlignment->设置参考帧来创建。

参考系影响统计值

点，细胞，表面，细丝的统计值同时在图像坐标和参考系坐标中报告(如果坐标系的选择对值有影响)。

例如，当一个参考系存在时，“点位置X”也将在参考系坐标中作为一个新的统计值“点位置X参考系”报告。同样的情况也发生在其他位置值和矢量值，如速度和速度值，也依赖于参考系。

参考帧播放模式

当在时间序列中使用参考系时，可以使用“参考系播放模式”在时间序列中播放，使所选参考系在时间序列播放时保持静止。

如果参考帧被定位为与对象一起移动，则此播放模式允许以“被跟踪”对象保持静止的方式播放时间序列。

在参考系坐标中的跟踪

当一个参考系对象存在时，可以选择这个参考系作为执行跟踪的坐标系。这在追踪在细胞内移动的囊泡时很有用，而细胞本身也在移动。

细胞分裂选项“每个细胞一个细胞核”

Imaris8.3有两个选项来执行分裂“一个细胞核每个细胞”:

离原子核的距离-细胞内的每个像素都被分配给它最接近的细胞核。所有分配给同一个细胞核的像素组成一个细胞。这种方法执行一个稳健的分裂，边界结束于核之间的“中间”。

细胞通道强度-细胞核周围细胞通道的明亮区域被分配给该细胞核，其效果是细胞之间的边界最终处于低强度区域。当两个单元没有被低强度区域分隔时，这种方法往往会失败。

“距离细胞核”选项在许多情况下类似于前面的“每个细胞分裂一个细胞核”方法。

新的统计值

轨迹在血统场景中有新的位移统计值:

• 自前一次分裂以来的迁移
• 上次除法以来的位移^2
• 细胞周期置换
• 赛道开赛时间
• 速度角X，速度角Y，速度角Z

轨迹位移定义为沿袭的情况下，现在是第一个位置到任何位置的最大距离在轨道的最后一个时间点。这个统计数据在8.2中没有很好地定义在上一个时间点有多个对象的轨道。

每个对象都有一个新的统计值-距离原点。

Vantage 1D统计检验

Vantage1D显示组间比较统计值的单变量分布。在以前的Imaris版本中，可以直观地检查分布是否不同。Imaris现在提供统计测试来评估分布之间的差异。在Vantage1D的“统计测试”选项卡中报告的测试如下:

Wilcoxon-Test检验两个样本是否来自具有相同中位数的连续分布。f检验检验两个样本是否来自方差相同的正态分布。

t检验检验两个样本是否来自均值相同的正态分布。Kolmogorov-Smirnov-Test检验两个样本是否来自同一总体。

用户可以调整置信水平，以及测试是左尾、右尾还是双尾。

XT与新的Matlab组件运行时(MCR)版本一起工作

Imaris可以像以前一样使用MCR v7.1 (Matlab R2009a/b)，另外还可以使用MCR v8.4 (Matlab R2014b)，并且可以配置XTensions来使用其他运行的Matlab组件运行时。每个XTension在xml文件中指定为哪个MCR编译。与Imaris8.3一起安装的xtension是为MCR v8.4构建的。

Matlab组件运行时的安装可以通过直接从Imaris Preferences CustomTools部分开始下载来简化。

没有竞技场的Imaris

由于客户的要求，我们决定提供一个不具有Arena(也没有批处理能力)的Imaris版本。这个版本类似于imaris8之前的版本，它可以一次打开和保存一张图像。要获得这个版本，用户可以选择在安装过程中不安装Arena而安装Imaris。

并行分水岭算法的加速

Imaris中的分水岭算法是分段并行运行的。这将产生以下步骤的加速(与以前的Imaris版本相比):

• 表面-分割触摸对象(区域增长)
• 斑点-不同的斑点大小(区域增长)
• 细胞-由种子点分裂核
• 细胞-分裂触摸细胞
• 细胞-从细胞膜检测细胞边界

固定的错误

修复了99个bug (Imaris 8.2开始)
9399	漂移校正错误
9381	使用Cell的一个时间点的ROI并选择一个单元格对象会使Imaris崩溃
9355	可以选择与Imaris一起使用的MATLAB版本
9344	如果单元格在切片器XY上呈现，则区域生长阈值显示不可见
9338	连接两个对象后，在轨道沿袭编辑器中轨道段和连接的颜色不正确。
9332	当用户删除轮廓曲面对象时，Imaris将关闭
9328	当Leica文件的RecordingDate值不存在时Imaris使用'-4713-11-24 00:00:00.000'
9326	文件转换器8.2崩溃与OME tif文件
9324	Imaris 8.2.0 Track与LineageTrack的许可问题
9315	本机主题中的跟踪谱系编辑器在白色背景上使用白色分支连接
9312	参考手册中速度公式错误
9310	当竞技场处于活动状态时，Imaris保持在flash屏幕上的“完成”
9308	打开OME映像会导致DrawVolume调用冻结
9305	丝没有。树枝分枝说明不清楚。
9299	启用核可见性会降低显示调整的响应速度
9294	“丝点轨道”XTension崩溃时试图创建斑点对象
9292	灯丝分支层次结构XT不能在Imaris 8.3和matlab 2014b中工作
9290	Cell分割的自动阈值在批处理中不起作用
9280	Cell XTension外的囊泡具有基于“1”的CellID (Imaris是基于零的)
9258	竞技场数据存储位置无法移动-文件未找到错误
9244	有大量手动编辑对象的文件不能再次打开
9233	用等高线导入IMX文件时，曲面生成时Imaris崩溃
9231	斑点向导中斑点编辑对话框的文档链接错误
9223	自动缓存图像数据，如果数据集完全适合分配的RAM
9219	当在首选项中选择默认颜色时，Imaris不使用。ims颜色表
9208	为细胞模块记录负囊泡到细胞核距离的含义
9197	“显示帮助”在曲目编辑器中不起作用
9180	灯丝id在编辑时发生变化，导致标签出现问题
9174	删除一个通道后显示的统计信息
9173	如果镜像在exceed中打开且文件未完全读取，则从Arena中删除镜像不会删除磁盘上的文件
9163	“Imaris管理员-数据管理”的描述缺失
9154	Imaris退出，将永远不会加载.nd2文件(尼康SIM卡)
9150	在所有图像处理操作中都没有选择通道复选框
9142	如果选中一个点，则“测量点中心到选择”无效
9140	快速连续删除多个包含图像数据的检测将导致Imaris崩溃
9138	用于“添加/删除(光标与):”的单选按钮在“编辑点”中被截断
9137	CTRL-S不存储数据集
9129	修正漂移，然后按CTRL + Z并在轨道编辑器中点击会导致崩溃
9118	即使许可证被禁用，注释区域也可以被激活
9115	ImageJ 1.47b(斐济)输出的TIFF体素校准未读取
9105	在分析数据子集时，轨道编辑器编号与帧编号不匹配
9103	加载新图像时，3D光标应该消失
9086	合并斑点对象，然后重建轨道摊位Imaris
9085	在Colour选项卡中更改显示的统计数据将导致显示多个点和轨迹实例
9073	3D视图闪烁在一些缩放级别的文件
9013	在切换标签后，膀胱直方图消失
8994	ZVI文件崩溃Imaris与“内存不足”消息
8993	无法读取压缩的ZVI文件
8991	如果竞技场有很多批次运行，Imaris会非常慢
8961	标签上下文菜单中的“显示帮助”会指向一个不存在的页面
8952	通过首选项添加更多统计类型后，统计信息选项卡中缺少标签列
8940	单元格参数被重复更改
8933	材质编辑器中的颜色类型应该在重建时恢复为'Base'
8916	详细解释移动数据库时的竞技场偏好选项
8896	在灯丝的形成过程中，即使没有检查这种功能，刺还是会分叉。
8886	连接囊泡跟踪id和细胞跟踪id
8860	选择特定的灯丝统计数据仍然显示所有灯丝统计数据
8846	文件名在斐济不是文件系统名称
8797	“导出用于绘图的数据”中的时间列错误
8783	无法正确读取LIF文件中的时间戳(来自新的LAX软件)
8780	文件系列检测仅限于“999”文件
8762	从“图像处理- AutoQuant”启动AutoQuant失败
8718	PlotNumbersArea双击打开原始图像不适用于1项的集合
8701	Mac不支持需要工作组的凭据
8696	曲面中的ROI非常小，不再位于中心
8694	各种缺失环节
8680	Imaris在使用“image only”打开文件后错误地警告用户，即使使用了store as
8652	无法访问“编辑斑点”选项(样式表)
8620	ROI使用的Coloc参数命名不一致
8550	所有脊柱部分长度(s)不正确(许多负值和零值)
8466	即使信号很强，自动路径也不会增加树突
8370	使用存储的创建参数时崩溃
8295	对于tiff文件，并不是所有z切片都被读入
8028	Imaris无法读取Nikon Elements ND2时间间隔(或读取错误的时间)
7850	向导中的过滤器“忽略”提供错误的结果
7796	重新采样打开后纹理块丢失(.lif)
7681	细胞核透明度没有影响
7633	将点和面导入到单元格不适用不匹配时间
7613	Imaris对一些加载的tiff图像保持文件读取锁
7530	自由旋转不允许对轴值进行正常编辑
7528	禁用当前选定的统计颜色编码类型会导致Imaris切换到不同的超越对象
7449	编辑单时间点校准
7423	大Tiff文件只加载第一帧-而不是整个图像。
7189	从表面对象切换时，音量统计选项卡未更新
7183	细胞体分割-按种子点分割不会像预期的那样分裂
7152	如果体素大小较小，轮廓工具无法创建曲面
7114	更新已编译的扩展到最新的Matlab版本
7090	如果data中包含z信息，Imaris无法打开。cxd文件
6889	多尺度分水岭
5979	复制选择也应该复制创建参数
5868	如果用户使用的是普通的matlab或运行时，要让用户清楚地知道
5692	按种子点分割细胞得到的细胞数少于种子点
5330	ImarisCell继续忽略这些距离很近但明显不同的细胞。
5281	在MAC上找到已安装的Matlab和Matlab运行时的位置
5046	相机漂移校正(不重新采样图像)
4641	改变图像组成(即添加或删除通道)，所有通道都变得可见
4508	删除通道后统计通道未更新
4030	ND2文件读取器问题:时间推移与多个XY位置没有正确打开
2740	ImageJ Tiff无法读取