欢迎来到我们的常见问题页面,请在这里找到常见问题的答案,包括硬件、许可证和安装、文件导入/导出、可视化、分析、Imaris XT、设置和故障排除等主题。如果您的问题没有在这个页面上得到回答,请与我们联系客户支持团队,他很乐意进一步协助您。
显卡及其驱动程序对Imaris的稳定性和性能至关重要。
请浏览我们的系统需求对于支持的显卡。请定期更新驱动程序,至少在每次安装新Imaris版本时更新。
如果您计划使用大的时间序列,我们建议投资超过4 GB的图形RAM。这将允许显卡缓存显示的所有纹理,这样你可以更快地浏览帧。
对于反褶积,AMD和NVIDIA卡上支持GPU处理。NVIDIA是首选,因为CUDA的性能更好。
虽然您可以使用高分辨率监视器运行Imaris,但由于更高的呈现计算要求,交互性可能会受到影响。
Imaris可以处理的图像大小不受RAM的限制。如果数据大小/计算需求超过计算机RAM, Imaris将执行数据缓存到硬盘驱动器。
但是,数据缓存会降低处理速度。为了获得更好的性能,我们建议使用至少两倍于映像文件大小的RAM。
Imaris是一个多线程应用程序,许多处理功能都有效地利用了多个CPU内核。虽然我们正在优化算法,以便在每个新版本中充分利用多核系统的强大功能,但仍有一些步骤不是完全多线程的。因此,我们建议在CPU速度和内核数量之间保持平衡。
一般来说,我们建议使用8核(16线程)或更高的快速(3ghz +) cpu。
如果您的多核CPU没有在Windows任务管理器中100%运行,则不是所有的核都被使用。
这可能是由于(1)计算不是完全多线程的,或者(2)Imaris可能需要将图像数据从磁盘加载到RAM中进行处理。通常,Imaris中的磁盘访问将只使用每个磁盘的一个线程。
如果您使用的是Windows 10 Build 1903及更新版本,如果您拥有至少m系列的NVIDIA Quadro卡或任何系列的AMD卡(Radeon、RadeonPro或FirePro),则可以在Windows远程桌面会话(RDP)中使用Imaris。我们用RDP成功测试过的最老的AMD卡是FirePro V7900(2011年发布)。
NVIDIA Geforce和Titan卡在任何Windows版本中都不支持对RDP至关重要的OpenGL加速(截至2020年3月)。没有众所周知的变通办法。
对于早期的Windows 10版本(180x或更早)或Windows 7/8或8.1,让Imaris在RDP会话中工作的唯一方法是使用NVIDIA Quadro m系列或更新的(例如M4000, P4000)。Quadro卡驱动程序支持独立于Windows版本的OpenGL。
还有其他的远程桌面解决方案(TeamViewer、Anydesk等),它们不依赖于OpenGL,可能适用于您的系统。
安装远程桌面解决方案之前,请咨询您的IT部门,因为可能存在网络限制。
版本7.0,7.1,7.2,7.3,7.4,7.5,7.6,7.7,8.0,8.1,8.2,8.3,8.4,9.0,9.1,9.2,9.3,9.5,9.6,9.7
Help > License > Available License提供Imaris License的列表和截止日期。如果您拥有永久许可证,过期栏将显示“从未”。
请看这个步步为营的卫星许可证教程以及下面的书面指南。核心设施用户,请与您的核心设施经理联系,了解您的核心特定的卫星许可证使用政策。
(1)去伊玛里斯客户门户网站
(2)使用注册邮箱登录
(3)在左侧点击“卫星授权”
(4)按照说明生成卫星许可证的订单id
(5)现在按照安装说明用于安装和许可指导。
注意:卫星许可期限是在管理用户页面下设置的,但是只有站点管理员可以访问客户门户中的管理用户页面
关于Imaris许可证迁移,请与我们联系,我们将与您一起跟进完成该过程:
如果可能,请在邮件中包含以下信息:
您可以从客户门户网站下载页面。
要访问较早的版本,请转到下载页面并单击“软件发布存档”。
是的!但是,请注意,有些功能/分析可能在不同版本之间不兼容。
请看伊玛里斯发行通知S表示按版本更改。
IMS文件格式基于分层数据格式(HDF5),该格式设计用于处理巨大的多维数据,并经过优化以允许极快地可视化大量数据。为此,该格式不仅存储原始图像数据,还存储原始数据的较低分辨率版本。
有关其他信息,请参见在这里.
是的!ImarisWriter允许您以Imaris5文件格式快速编写适合高性能可视化和分析的图像文件。
版本7.6,7.7,8.0,8.1,8.2,8.3,8.4,9.0,9.1,9.2,9.3,9.5,9.6,9.7
Imaris可以在*中导出曲面。WRL和*。iv格式(通过3D视图>导出选定对象。这些格式与网格实验室和其他3D动画软件兼容。这个简短的教程显示线框模型的导出和导入步骤。
版本9.3 9.5 9.6 9.7
在Imaris Arena中或通过ImarisFileConverter将映像文件转换为IMS格式时,将生成与原始映像文件同名的新IMS文件,并且原始文件不会被修改或删除。
如果IMS文件和原始文件都存在于同一个文件夹中,那么只有IMS文件将出现在Arena视图中。
在大多数情况下,您将能够将较旧的Imaris版本编写的IMS文件读入较新的Imaris版本。但也有一些限制:
在较新的软件版本中编写的IMS文件可能无法在较早的Imaris版本中读取。当你遇到问题时,你可以通过使用“另存为”或“导出”来获得部分成功,其中你可以在新版本的“另存为类型”字段中选择较旧的文件格式。很可能不是Imaris场景的所有部分都将以旧格式保存。
版本9.3 9.5 9.6 9.7
我们支持文件转换从TIFF和大多数专有文件从主要显微镜供应商。可以直接转换的文件的完整列表位于:帮助>参考手册>支持的文件格式。要在Imaris中打开图像文件,首先需要使用Imaris文件转换器或在Imaris Arena中将其转换为IMS格式。
版本7.6,7.7,8.0,8.1,8.2,8.3,8.4,9.0,9.1,9.2,9.3,9.5,9.6,9.7
本教程展示了光源如何在Imaris中工作,以及如何在您的场景中操作多个光源。
版本7.6 7.7 8.0 8.1 8.2 8.3 8.4 9.0 9.1 9.2 9.3 9.5 9.6 9.7
本教程展示了一种方法来创建一个简单的动画向上和向下通过你的3D图像。
版本5.7 6.0 6.1 6.2 6.3 6.4 7.0 7.1 7.2 7.3 7.4 7.5 7.6 7.7 8.0 8.1 8.2 8.3 8.4 9.0 9.1 9.2 9.3 9.5 9.6 9.7
本教程演示如何为您的数据创建自定义颜色查找表。
版本号8.4 9.0 9.1 9.2 9.3 9.5 9.6 9.7
(1)对于9.5和更老的版本,确保off - screen Rendering选中ON File > Preferences > Display >选中' off - screen Rendering(用于保存快照和电影)'。
(2)文件> Preferences > Snapshot > check ' Transparent Background。选择“TIFF”或“PNG”作为文件类型。
版本7.0 7.1 7.2 7.3 7.4 7.5 7.6 7.7 8.0 8.1 8.2 8.3 8.4 9.0 9.1 9.2 9.3 9.5 9.6 9.7
您可以从文件>首选项>显示>坐标轴/比例条/时间颜色条部分打开或关闭比例条显示。
将光标移到刻度条附近,您将看到它的形状发生变化。现在向左/向右拖动以减少/增加比例尺条的长度。
将光标移到刻度条附近,向上/向下拖动,可增加/减少刻度条的厚度和刻度条标签的字体大小。
版本8.0 8.1 8.2 8.3 8.4 9.0 9.1 9.2 9.3 9.5 9.6 9.7
您可以通过以下步骤控制图像的角度和缩放:
版本号9.1 9.2 9.3 9.5 9.6 9.7
你可以加载多个数据集使用文件>添加图像。每个图像的位置可以由对应的帧控制,物体检测可以在所有可用的通道上完成。
有关其他教程和应用程序示例,请参见Imaris 9.1版本笔记。
版本9.6、9.7
Imaris允许你通过机器学习对对象进行分类,机器学习利用Imaris计算的所有标准统计数据和附加的“机器学习统计数据”,这些统计数据提供了关于局部强度景观的更多信息。有关其他教程和应用程序示例,请参阅Imaris 9.6发布说明这家庭学校录音.
在决定哪个对象最适合您的分析时,需要考虑三件事:
更多细节,请关注这个家庭学校的录音提供了所有Imaris对象的概述。
版本7.0 7.1 7.2 7.3 7.4 7.5 7.6 7.7 8.0 8.1 8.2 8.3 8.4 9.0 9.1 9.2 9.3 9.5 9.6 9.7
(1)进入“File > Preferences > Statistics”,查看是否选中了特定的统计值。
(2)转到感兴趣的组件下的“统计”选项卡,选择统计值,然后单击“在选项卡显示上导出统计到文件”。你也可以点击“export all statistics to File”来导出所有可用的统计数据。
(3)统计数据也可以从Vantage保存用于绘图的值。
版本7.6 7.7 8.0 8.1 8.2 8.3 8.4 9.0 9.1 9.2 9.3 9.5 9.6 9.7
遵循本教程学习如何精确定位轮廓线的顶点,如何只编辑一个完整轮廓线的几个顶点,以及如何平移、旋转和缩放轮廓线。
版本9.3 9.5 9.6 9.7
如果使用“批量分析”,则可以在“Arena > Folder Batch History > Export statistics to csv file”中查看汇总的统计结果。
如果您已经手动分割了几个图像,或者自动逐个分割了它们,仍然可以通过以下方法将来自几个不同图像的统计信息聚合到单个.xls/.csv/.xml中这些步骤.
版本8.0 8.1 8.2 8.3 8.4 9.0 9.1 9.2 9.3 9.5 9.6 9.7
(1)创建对象后,返回Creation选项卡
(2)点击“批量存储参数…”, '检查存储位置'最喜欢的创建参数'
(3)进入文件>首选项>创建参数,单击“导出…”,分享保存的*。icpx文件
(4) *。icpx文件可以导入到其他计算机与Imaris通过文件>首选项>创建参数>导入…
版本9.3 9.5 9.6 9.7
有关Vantage地块比较的更多细节,请参阅这是Imaris HomeSchool的录音.
版本9.3 9.5 9.6 9.7
结果:
更多关于Vantage plot比较的细节,请参阅此Imaris家庭学校录音.
版本5.7 6.0 6.1 6.2 6.3 6.4 7.0 7.1 7.2 7.3 7.4 7.5 7.6 7.7 8.0 8.1 8.2 8.3 8.4 9.0 9.1 9.2 9.3 9.5 9.6 9.7
2D数据集的处理方式与3D数据集类似,所以你可以得到相同的统计数据,但要注意这些值的解释:
面积统计量指的是即使是2D数据集的3D表面积。Imaris在体素周围创建一个表面,包括顶部、底部和侧面。报告的面积将考虑表面的所有这些面。
相反,请使用“体素数量”,并将其乘以像素的XY大小,以获得2D面积值。
Imaris计算一个3D体积,它考虑了Z体素大小,如“超越-编辑-图像属性-几何-体素大小- Z”中给出的。
如果你设置Z体素大小= 1,这个值将反映2D区域。*对于非常小的Surface对象可能会有舍入误差。
ImarisXT Python接口支持Python 3.7和Python 2.7。
如果你运行的是支持的Python版本:
C:\Program Files\Bitplane\Imaris x64 X.X\XT\python2\ (for Python 2.7脚本)
C:\Program Files\Bitplane\Imaris x64 X.X\XT\python3\ (for Python 3.7脚本)
更多细节,请观看这个Imaris自主学习记录.
版本8.3 8.4 9.0 9.1 9.2 9.3 9.5 9.6 9.7
请参阅这个简短的教程视频如何激活ImageJ和MATLAB插件。
(1)进入“File > Preferences > CustomTools”
(2)检查MATLAB编译运行时(MCR)项是否为橙色或白色。白色表示已正确安装和连接。如果它们是橙色的,应该有一个MCR的下载链接。请根据Imaris版本下载并安装相应的MCR版本。我们建议选择默认设置和默认安装路径。
Imaris 9.6: MCR v9.8
Imaris 8.3-9.5: MCR v8.4
Imaris 8.2及以下版本:MCR v7.11
*您也可以从客户门户网站及其下载页面。
安装完成后,内置的x张力就可以使用了,图像处理菜单下的所有MATLAB符号都应该从灰色变为棕色。
版本8.3 8.4 9.0 9.1 9.2 9.3 9.5 9.6 9.7
*.exe和*.xml文件需要MATLAB编译运行时(MCR)。
*.m需要完整的MATLAB安装。
*.py需要Python。
注意:不同的x张力可能需要不同版本的MATLAB/Python或特定版本的Imaris才能正常运行。有些xtension可能还需要特定的模块,而不是包含在每个用户的许可中。请检查x张力文档或直接联系开发人员。
注1:对于用户定义的x张力文件夹,请确保从Imaris内置的x张力文件夹中复制以下文件:
(C:/Program Files/Bitplane/Imaris x64 X.X.X/XT/ MATLAB
Python XT (C:/Program Files/Bitplane/Imaris x64 X.X.X/XT/python3) - ImarisLib.py、Imaris文件夹、ImarisServer文件夹、私有文件夹(或将这些文件夹添加到PATH中)。
注2:Imaris可以访问x张力文件夹中的文件,但不能访问其子文件夹中的文件。
版本8.3 8.4 9.0 9.1 9.2 9.3 9.5 9.6 9.7
如果您有一个完整的MATLAB安装,其中选择了默认路径,Imaris应该自动识别MATLAB路径,不需要额外的步骤。您可以从文件> Preferences > Advanced > CustomTools > MatlabPath中检查和编辑MATLAB路径。
版本9.3 9.5 9.6 9.7
纹理缓存影响渲染响应。默认值是显卡的物理RAM,它应该在大多数情况下都能正常工作。对于RAM较大的显卡(>8GB),降低此值有时可能会提高响应能力。
您可以从文件>首选项>显示调整Imaris使用的纹理缓存。
您可以从文件>首选项>计算调整Imaris使用的RAM。
默认值设置为系统RAM的一半。修改此值时,请确保系统有足够的RAM来运行机器.当内存为128gb时,建议设置为100gb及以下,以保证系统的稳定性。
您可以从“文件>首选项>计算”更改数据缓存位置。
默认位置通常设置为C盘。如果您有多个硬盘驱动器,我们建议将数据缓存位置设置为更快的驱动器(PCIe SSD),并避免使用系统驱动器作为缓存驱动器。
如果添加了多个路径,Imaris可以并行写入不同的路径。请注意,如果使用多个驱动器作为缓存驱动器,空闲空间较少的一个驱动器也将限制其他驱动器的可用空间。
重置用户设置。
打开Imaris,确保只有一个实例在运行
(2)文件>首选项>重置首选项…
(3)重新启动Imaris
注意,有些设置只能从注册表中访问。在大多数情况下,我们不建议用户编辑注册表。如果您需要帮助,请联系您的区域支持团队.
要了解关于特定功能的更多信息,请右键单击Imaris中的功能并单击“显示帮助”,将您带到参考手册中特定于内容的位置。
您也可以在《帮助>参考手册》中浏览或搜索具体功能。
有关统计值定义,请参见帮助>统计参考。
如果你不能找到你正在寻找的信息请联系您的区域支持团队.
(1)确保您没有使用集成英特尔显卡,因为它与Imaris不兼容,不支持。在Windows 10中,如果你有专用显卡,你可以在“图形设置”中将其设置为首选显卡。在图形设置下,选择Imaris设置首选项。选择“高性能”或所需的显卡。
如果您不使用Windows 10, NVIDIA和AMD控制面板将允许您为Imaris创建应用程序配置文件,以使用首选卡。
(2)确保你的显卡至少有1GB的显卡内存可用。我们建议使用至少有4GB显卡的显卡来获得不错的性能。
降低Volume对象的质量也有助于避免在图形RAM有限的显卡上闪烁。质量滑块可以在音量组件的“设置”选项卡中进行调整。
(3)确保在文件>首选项>显示中正确设置纹理缓存。“纹理缓存”的值应该与你的图形RAM的数量相匹配。
(4)更新您的显卡驱动程序,请到AMD或NVIDIA网站下载最新版本的显卡。
如果您使用的是Windows机器,则会出现该消息。请确保您没有使用集成英特尔显卡,因为它与Imaris不兼容,因此不支持。
如果同时启用了太多通道,也会出现此消息。虽然Imaris内部可以处理数十个频道,但大多数显卡通常只能同时显示8个频道。
(3)可能是驱动问题造成的。更新您的显卡驱动程序,直接进入AMD或NVIDIA网站,下载您的特定卡的最新驱动程序版本。
(4)如果您通过RDP会话远程登录到Windows机器上,您可能使用的显卡和Windows版本组合不支持RDP会话中的OpenGL加速。请参阅“我可以在Windows远程桌面(RDP)中运行Imaris吗?”[h2链接或whatnot please]获取更多信息。
MacOS可能会抱怨Imaris安装包无法扫描恶意软件。这是MacOS最新版本中的一个保护系统。如果您从我们的客户门户下载了Imaris安装程序,请放心,Imaris安装程序是干净的,不包含恶意软件。
要安装Imaris,右键单击安装程序包,弹出上下文菜单。选择“打开”。
MacOS会弹出一个类似的对话框,警告“恶意软件”,但现在会给你打开包的选项。单击“打开”继续其余的安装步骤。