创新的3D神经元追踪与Imaris

这神经科学家的imaris.软件包是研究人员在各种神经科学学科工作的工具的完美组合。Imaris的先进的3D/4D可视化和分析方法与Filament Tracer -最好的类软件，用于自动检测神经元，包括脊柱和其他丝状结构在2D/3D或4D数据集，测量，对象跟踪，绘图，组比较与统计测试和双向接口的定制在Matlab, Java或Python。

现有客户-卫星许可证

追踪神经元，检测细胞和结构

显微图像分析需要基于保存为图像数据的初始信号对多个生物结构进行精确检测。在Imaris中的对象检测将是快速和容易的，因为用户在向导驱动的界面中创建完美的数据模型。与我们的专利火炬™使用Autopath或Autodepth在密集和厚的样本中跟踪神经元是非常有效的，并成为一种独特的体验。

自动跟踪

自动神经元追踪是在基于向导的界面中引导的-沿着灯丝的起点和种子点只需点击几下鼠标即可检测到。

专用算法可用于没有循环或结构可能包含循环的树。
调整多个参数，以确保最佳的检测质量:修改自动计算的阈值，添加/删除灯丝的开始或结束点。
分割图像即使具有次优质质量（例如，总体低信噪比和/或在背景中存在高强度（非灯丝）点）。
沿着灯丝的所有树突刺并创造了一类新的物体

半自动Autopath

Autopath方法推荐用于在多个GBs大小的大数据集(已测试高达1tb)和密集网络(如清除样本、清除组织、整个大脑或血管)中追踪丝状结构。

用户仅在计算并突出显示最佳拟合灯丝路径时选择3D中的开始和结束点。
在每个中间步骤之后可以暂停跟踪，并从所选的端部或分支点开始再次开始。
灯丝直径自动从结构计算
Autopath方法配备了工具，可在密集的神经网络中进行跟踪:Torch, Depth Visibility。

半自动Autodepth

另一种方法推荐用于分析多个gb大小的大数据集(测试的数据高达1tb)和密集的网络，如清除的样本、清除的组织、整个大脑或血管。

用户沿着3D图像中的结构绘制一条线，该线将自动集中在最近的灯丝结构中(最高数据强度)。
绘图可以在多个小步骤中完成，以确保最佳可能的配合
纤维直径由结构自动计算。
Autopath方法配备了工具，可在密集的神经网络中进行跟踪:Torch, Depth Visibility。

对象检测点和表面

表面对象可以在不同形状和大小的对象的边界上创建，如细胞、细胞核、核仁、大脑结构或细丝，而斑点对象用于模拟数据中的点或泡状结构，并快速识别数千个结构。

Surface和Spots对象的创建是在基于向导的界面中进行的
表面和点可以编辑，添加或删除在3D空间
曲面可以作为等高线、魔棒或徒手在2D平面上绘制，并重新创建为3D对象
几种统计数据，如物体数量，位置，体积，区域，辅导，结构内的荧光强度，以及更多的是自动计算的
表面和斑点物体可以在时间序列中跟踪，这允许监控形状或强度的时间变化，并给出几个运动相关的统计数据，如速度，加速度，位移，轨迹，沿线(用于分割物体)

树突脊柱检测和分类

无论选择哪种灯丝追踪方法（向导驱动自动跟踪或AutoPath / autodepth模式），可以根据阈值自动检测和精确地建模树突刺。

全套统计资料包括每节脊椎的数目，长度，体积，面积，直径
树枝状刺可以根据它们的形态学特征，如长度，头部和颈部直径（即蘑菇，粗短，索霍亚透露型）进行分类

可视化和动画导出

Imaris提供了一套完整的功能，用于可视化多通道显微镜数据集，从静态2D图像到3D时间序列，无论其大小和格式。使用Imaris的神经科学家用户可以:

组织和管理全实验，包括Imaris Arena中的图像和数据分析。
使用Premier 3D / 4D卷渲染模式:( MIP，混合投影，阴影渲染，普通阴影）
从iMaris高性能IMS文件格式中受益，即使在非常大的3D数据集（TB Range）中，也可以保证平滑导航。
结合体绘制，对象表示，剪切平面和截面切片。
在快照工具中制作高质量的快照，以便在出版物中使用。
通过在关键帧动画工具中添加几个感兴趣的帧，轻松制作包括体积渲染，检测对象，注释，对象运动的动画

统计和测量

分段后，图像数据Imaris计算所有检测到的对象的广泛统计信息：细丝，表面和斑点。所有值可用于颜色编码，绘制内部（使用Vantage Plots）或以.csv或.xls文件格式导出。下面提出的参数是生物学家所需的最常见的统计类型。imaris报告了更多。

树枝状道

长度
平均直径
分支角
脊柱密度
电阻

丝

树突分支点
树突终点点
Sholl十字路口
脊椎末端点
树突分支水平

刺

长度
体积
平均直径
区域
终端点直径

表面

区域
体积
强度
位置（x，y，z）
数量(计数对象)

Imaris对神经科学家的进一步好处

这个包不仅仅是关于跟踪。通过包含各种Imaris模块，您可以在实验期间体验完全的分析自由。

绘制和数据比较

Imaris Vantage绘图工具，使可视化分割的对象在多变量散点图发现隐藏的关系，对象统计。

在XYZ轴，尺寸和颜色上表示最多5个变体，或者创建所有检测到的物体（如刺或枝条）的画廊以比较它们的形状。
原始图像与绘图之间的两种方式：当在图上选择的对象组时，它也会在原始图像上突出显示。
在单或多变量散点图上轻松地比较控制组和实验组之间选择的统计数据。
检验统计假设使用:t-Test F-test, Kolmogorov-Smirnov, Wilcoxon。
所有创建的图都可以在论文和演示文稿中使用-你可以用快照导出它们。

跟踪算法

iniaris轨道包含在神经科学家的imaris.提供各种自动跟踪方法，可以最适合运动类型。

五种复杂的跟踪算法，也可以处理在帧间出现或消失的物体。
使用先前的对象速度和方向性来预测未来的位置以及加权强度信息，以实现最准确的跟踪
一旦自动跟踪完成，即可编辑单个轨道的直观和灵活的轨道校正工具

自定义的两条接口

Imaris XT模块对于在Matlab或Python中编写图像分析应用程序代码的科学家以及具有复杂的图像分析需求的每个人来说特别有用，这些都是没有由Imaris主要功能完全覆盖的复杂图像分析需求。imaris xt提供：

访问预先存在的Xtensions库 - 可以为特定应用程序修改的自定义图像分析脚本。万博电脑网页版登录
双向接口从Imaris经典编程语言:Matlab, Java或Python和图像导出/导入斐济。
快速开发和集成自定义算法，超越一般图像处理的可能性，并为非常具体的科学应用量身定制。万博电脑网页版登录

open-source-coding

额外的资源

imaris.学习中心主办了广泛的教程视频，如何到文章和网络研讨会，以指导您通过许多功能的Imaris。我们在下面提供了一些链接，让你开始了解我们的一些最新发展。

相片画廊