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细胞生物学家的Imaris

细胞生物学家的Imaris包是理想的研究人员在几个生命科学学科谁需要广泛的功能研究细胞和有机体。除了Imaris经过验证的3D/4D可视化和分析工具,Imaris for Cell biology还提供了基于智能细胞的分割功能,在每个细胞的基础上进行分析,并发现细胞内的关系。该包包括自动跟踪、细胞分裂检测和交互式谱系树的创建,以及统计测试和用于Matlab、Java或Python定制的双向接口。

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细胞和细胞器的自动检测

细胞生物学家的Imaris提供了多个选项,通过一步一步的向导,在工作流的每个点预览结果,检测和建模您的生物学相关的结构。

表面

使用Imaris表面精确显示和测量细胞器、细胞核、生物膜、细胞、组织、器官、胚胎以及类器官:

  • 计算机生成的数据集中感兴趣的指定区域的表示
  • 可以计算和可视化数百gb大小的数据集(来自Imaris 9的技术)
  • 充当一个容器,从中可以计算所有所需的统计信息
  • 可及时跟踪(位置、形状和强度变化)

使用Imaris斑点检测:颗粒、蛋白质簇、小泡、核仁、细胞核、中心体、细胞和细菌。

  • 对数据中的点状或泡状结构进行建模。
  • 可以在含有10到100个物体的图像中识别。
  • 计算每个物体的XYZ坐标,可以测量到与其他物体的相对距离
  • 可及时跟踪(5种高性能运动算法)

细胞和细胞器

利用Imaris Cell进行基于细胞质或质膜标记的细胞智能检测。细胞质,细胞核,核仁和各种小泡的群体可以检测和分析一个完整的细胞对象。

  • 同时切割多个生物成分(例如基于膜或细胞质标记的细胞、细胞核、溶酶体、囊泡)
  • 在每个细胞基础上进行图像分析(例如,每个细胞的囊泡数量,每个囊泡到细胞边界的距离)
  • 测量囊泡或其他细胞器到细胞膜或细胞核边缘的相对距离

膜标记

使用Imaris细胞检测荧光信号仅位于物体表面的物体(即仅带有膜或细胞壁标记)。建立精确的形状模型,并报告紧密接触细胞的体积或表面积等测量值。

  • 精确地分割接触或稀疏的物体,如仅带有质膜、核膜或细胞壁染色的细胞
  • 使用2D切片器检查各个方向的分割质量
  • 统计指定感兴趣区域内的对象(整个数据集或子集)
  • 报告形态测量,如体积,包围盒长度和球度

在真实生活条件下跟踪运动

细胞生物学家用Imaris是最强大的活细胞跟踪和分析商业软件。它提出了监测生物系统时间变化的挑战。用户可以选择多种复杂的自动跟踪算法、手动跟踪选项以及直观的交互式轨迹编辑工具。

在3D或2D跟踪运动

  • 使用提供的算法之一自动跟踪感兴趣的对象
  • 处理数以千计的对象和时间点
  • 使用多个可视化选项表示轨迹或位移
  • 计算平均和瞬时速度、加速度
  • 手动创建和编辑轨迹

跟踪细胞分裂和谱系(标记细胞核)

  • 使用提供的用于跟踪分裂细胞和细胞核的沿袭算法
  • 探索从一个祖细胞到最后一代的细胞命运
  • 自动创建可编辑的沿袭树
  • 标记选择的血统树分支与彩色标签和分析您的数据每个血统
  • 计算细胞周期持续时间、世代、自第一次分裂以来的时间、自上一次分裂以来的时间

跟踪细胞分裂和谱系(膜标记)

  • 使用提供的最大重叠算法,该算法设计用于跟踪具有相互接触的膜标签的分裂细胞。
  • 探索从一个祖细胞到最后一代的细胞命运
  • 自动创建可编辑的沿袭树
  • 标记选择的血统树分支与彩色标签和分析您的数据每个血统
  • 计算细胞周期持续时间、世代、自第一次分裂以来的时间、自上一次分裂以来的时间

统计和测量

在分割图像数据后,Imaris计算了所有检测到的对象的大范围统计数据:细胞、表面和斑点。所有值都可以用于颜色编码,在Imaris中绘制(使用Vantage绘图)或导出。csv或。xls文件格式。下面列出的参数是生物学家最常用的统计类型。Imaris报道更多。

运动分析
  • 平均速度
  • 瞬时速度
  • 加快
  • 轨道长度
  • 细胞周期持续时间
细胞
  • 体积
  • 每细胞囊泡数
  • 到膜的距离
  • 囊泡/核
  • 到细胞中心的距离
  • 号(计数)
  • 位置(x, y, z)
  • 点之间的距离
  • 到曲面对象的距离
  • 速度
表面
  • 区域
  • 体积
  • 强度
  • Elipcity
  • 球形

绘图、统计检验和分组比较

细胞生物学家的Imaris包括一个无缝集成的工具来探索实验组之间的差异(例如控制vs测试)- ImarisVantage。它允许创建互动情节,帮助说明对象测量或对象组之间的关系/模式/差异,并揭示隐藏的关系。

散点图

  • 通过在2D/3D交互式Vantage绘图上绘图,探索数据中隐藏的关系
  • 选择最多五个测量值,它们将在x、y、z轴、尺寸和颜色内表示
  • 在Vantage情节中选择感兴趣的对象,并在3D空间中探索它们

组比较(3D)

  • 将图像分析协议应用于相同类型的多个数据集(即控制组和测试组)
  • 将多个数据集中的对象上载到同一个Vantage绘图
  • 通过为轴选择不同的测量值,比较各组之间的测量值

统计检验

  • 从一个或多个图像或一组图像中为选定测量创建一维单变量散点图
  • 报告配对结果:t检验,f检验,Kolmogorov-Smirnov和Wilcoxon
  • 将绘图导出为文件和演示文稿的现成格式

可视化和动画输出

Imaris提供了一套完整的功能,用于可视化多通道显微镜数据集,从静态2D图像到3D时间序列,无论其大小和格式。使用Imaris for Cell biology用户可以:

使用Imaris对细胞生物学家的进一步好处

Imaris for Cell Biologist软件包提供了更多的优势和灵活性,可以在实验过程中体验完全的分析自由。

图像数据管理

竞技场-将您的图像数据组织到逻辑组中

  • 组织和管理所有与图像数据相关的资源(如原始数据、分割结果、图像分析协议)
  • 将你的图像组织成“分析”和“组”来代表你的实验结构
  • 搜索所有(或部分)与图像相关的资源
  • 标签资源,便于搜索和组织

共定位

IMARISCOROC是最强大的共定位分析工具,用于量化和记录多种染色生物成分的共分布。

  • 可用于2D、3D数据和时间序列的协同定位
  • 共定位区域可以显示为新的3D或4D颜色通道
  • 用户可以扩展或缩小计算共定位直方图的区域
  • 自动计算:皮尔逊系数,曼德系数,共定位体素,共定位百分比

双向自定义接口

Imaris XT模块对用Matlab或Python编写图像分析代码的科学家特别有用,对于所有有复杂的图像分析需求的人来说,Imaris的主要功能没有完全覆盖。伊万里瓷器XT提供:

  • 访问XTensions的现有库—可为特定应用程序修改的自定义图像分析脚本万博电脑网页版登录
  • 从Imaris到经典编程语言的双向接口:Matlab、Java或Python以及图像导出/导入到斐济
  • 集成自定义算法的能力超过了通用图像处理的可能性。

额外资源

伊万里瓷器的学习中心主办了广泛的教程视频,如何到文章和网络研讨会,以指导您通过许多功能的Imaris。我们在下面提供了一些链接,让你开始了解我们的一些最新发展。