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伊玛里斯精华

Imaris Essentials软件包是一款用于3D和延时显微图像的交互式可视化和分析软件,具有针对大数据集(TB范围)的高级解决方案——基于我们的多分辨率技术的智能体积和表面渲染,以及针对无限大小图像的表面计算。Imaris Essentials软件包非常适合需要一个易于使用的软件来制作惊人的快照和动画、从显微镜数据生成定量信息、对象到对象的距离和重叠测量、共定位研究、绘图和统计分析的研究人员。Imaris Essentials软件包包括易于使用的机器学习对象分类器和标签。

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显微镜的三维可视化与绘制

Imaris Essentials为多通道显微镜数据集的可视化提供了一整套功能,从静态2D图像到3D时间序列,无论其大小和格式如何。使用Imaris Essentials,用户可以:

  • 组织和管理完整的实验,包括图像和数据分析
  • Use premier 3D/4D volume rendering modes: (MIP, Blend, Shadow Projection, Normal Shading)
  • 得益于伊万里瓷器的pe高rformance IMS file format which guarantees smooth navigation even in very large datasets (Gigabytes to Terabytes range)
  • 结合体渲染、对象表示、剪裁平面和二维切片器
  • 轻松制作高质量的动画和高分辨率快照,为演示文稿和出版物做好准备

Quantitative Microscopy Image Analysis - Detection of Objects

伊玛里斯for Essentials provides multiple options to detect and model your biologically relevant structures via step-by-step wizards with a preview of the results at each point in the workflow.

表面

使用Imaris 3D曲面精确显示和测量样本中各种物体的形状,如细胞器、细胞核、生物膜、细胞、组织、器官、胚胎、组织以及整个生物体。

  • 数据集中指定感兴趣区域的表示
  • Calculated based on global or local threshold or created based on user-defined regions of interests
  • Can be calculated and visualized for data sets up to terabytes in size
  • Act as a container from which all the desired statistics can be calculated

Spots

使用Imaris斑点检测:颗粒、蛋白质簇、小泡、核仁、细胞核、中心体、细胞和细菌。

  • 对数据中的点状或泡状结构进行建模。
  • 可以在10秒或100秒的数千个物体的图像中识别。
  • XYZ coordinates of each objects are calculated, relative distances to other objects can be measured
  • 可实时跟踪(5种高性能运动算法)

机器学习对象分类

使用可训练的机器学习分类器(ML),基于选定的统计数据或两个特征的组合,对检测到的对象(细胞、细胞核、血管)进行自动分类。类被标记,可用于可视化显示、绘图和下游分析(统计数据导出)。

  • 可训练的机器学习分类器
  • 基于局部环境或内在特征的对象分类
  • Labels – classified objects are labelled (color and name), which is exported in statistics
  • 比较标签类的可能性

距离测量、空间互动和共定位

Imaris Essentials基于生物结构在3D空间中的分布,提供了多种研究生物结构之间相互作用的方法。Imaris Essentials包括Coloc——最强大的共定位分析工具,用于量化和记录多种染色生物成分的共分布。

  • 皮尔逊系数、曼德尔系数、共定位体素、感兴趣区域内计算的共定位百分比(ROI)
  • 到最近点或表面的最短距离
  • Statistical calculations if selected Spots are attracted to the Surface of interest
  • 曲面之间的体积重叠

绘图工具和数据挖掘

Imaris Essentials包括一个无缝集成的工具,用于探索实验组之间的差异(例如对照组与测试组)——ImarisVantage。它允许创建交互式绘图,帮助说明对象测量或对象组之间的关系/模式/差异,并揭示隐藏的关系。

  • Two-dimensional scatterplot
  • Spatial distribution plot参考物体周围的随机分布
  • 一维盒形图用于组比较
  • 组比较:t检验、f检验、威尔科克森检验、科尔莫戈罗夫-斯米尔诺夫检验
  • Interactive对象库
  • Interactivemultidimensional object scatterplot

额外资源

伊玛里斯学习Center主持各种教程视频、操作文章和网络研讨会,指导您了解Imaris的许多功能。我们在下面提供了一些链接,让您开始了解我们的一些最新发展。你也可以查看网站的最新内容Imaris的最新版本.