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伊万里瓷器跟踪

Imaris为跟踪提供交互式处理,可视化和分析软件的3D和4D显微图像。Imaris for tracking具有最先进的体积渲染,加上对象检测和跟踪工具,是完美的研究人员谁想要自动分析移动对象,包括那些随着时间的推移而分裂的,创建一个谱系树图,并从他们的图像数据生成定量信息。它现在包含了在Imaris 9中引入的突破性技术,以解决当今图像分析的主要瓶颈——在数百gb的数据集中有效量化和表面可视化对象。

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目标检测与跟踪运动的真实条件

iniaris跟踪提供了验证的iMaris 3D跟踪算法的选择:布朗运动,自动触控运动(专家),连接的组件或谱系,为不同类型的移动物体产生最准确的跟踪结果。用户可以在新的Freehand坐标系(参考帧)中自动更正翻译和旋转漂移或轨道或使用自动选项进行漂移校正。

运动

  • 使用提供的算法之一自动跟踪感兴趣的对象
  • 处理数千个物体和时间点
  • 使用多个可视化选项表示轨迹或位移
  • 计算平均速度和瞬时速度,加速度
  • 手动创建和编辑轨道

追踪细胞分裂和谱系

  • 使用专为跟踪分割细胞和核的提供的谱系算法
  • 探索从一个祖细胞到最后一代的细胞命运
  • 自动创建可编辑的沿袭树
  • 标记选定的谱系树分支与彩色标签,并分析每个谱系的数据
  • 计算自第一划分以来的细胞周期持续时间,生成,时间以来的时间

参考系

可以检测细胞质,细胞核,核仁和各种囊泡的囊泡,并在完整的细胞对象内分析。

  • 建立一个新的坐标系,可用于在样本中标准化测量,而无论其初始方向如何。
  • 可在数据集框架内自由移动和旋转;可见和固定飞机可用
  • 在移动或旋转对象上设置参考帧以分析内部较小物体的运动,即。旋转胚胎内部的细胞,移动电池内的囊泡,蛋室内的边界细胞
  • 在参考帧模式下播放延时序列以使回放与之对齐
  • 在标准坐标系和参照系坐标系中进行统计

统计和测量

在分割后,图像数据imaris通过针对所有检测到的对象,曲面和斑点来计算各种统计数据。所有值可用于颜色编码,绘制内部(使用Vantage Plots)或以.csv或.xls文件格式导出。下面提出的参数是生物学家所需的最常见的统计类型。imaris报告了更多。

运动分析
  • 平均速度
  • 瞬时速度
  • 加速
  • 轨道长度
  • 细胞周期时间
曲面
  • 区域
  • 体积
  • 强度
  • Elipticity
  • 球形
  • 位置(x,y,z)
  • 强度
  • 号码(计数)
  • 参照系距离
细胞周期
  • 细胞周期持续时间
  • 细胞周期位移
  • 一代
  • 自第一和以前的师以来的时间

跟踪编辑器和标签

Imaris for Tracking可以轻松手动编辑自动跟踪的结果。使用标签添加其他描述性参数。

跟踪编辑器

  • 连接或断开对象,以修改自动跟踪结果
  • 手动连接检测到的对象,并创建新的轨道,细胞分裂或融合
  • 排序跟踪或重组谱系树分支
  • 添加缺少的对象并将它们连接到轨道
  • 通过任何选择的统计参数同时彩色曲目和对象
  • 将跟踪结果导出为。tif或。svg

标签

  • 使用描述物体或对象组的独特功能的颜色添加标签:来自来自同一母细胞的单元,彼此接近的单元,具有相似速度的细胞
  • 根据分配的标签,颜色斑点和表面,以更好地可视化对象之间的关系
  • 仅可视化具有所选标签的对象
  • 导出统计参数时 - 标签用作其他描述性参数,并在所选组中启用进一步分析。

可视化和动画导出

Imaris for Tracking提供了一套完整的功能,用于可视化多通道显微镜数据集,从静态2D图像到3D时间序列,无论其大小和格式,以及多种图像和视频导出选项,以增强您的论文和演示。

额外的资源

伊万里瓷器学习中心主办了广泛的教程视频,如何到文章和网络研讨会,以指导您通过许多功能的Imaris。我们在下面提供了一些链接,让你开始了解我们的一些最新发展。